L’AFSCA contrôle les denrées alimentaires, les aliments pour animaux, les matières fertilisantes et les produits phytopharmaceutiques mais elle se charge également des mesures de prévention et de lutte sanitaires (maladies animales) et phytosanitaires (secteur végétal).
La rédaction de la réglementation opérationnelle concernant les contrôles, la certification ou encore les normes d’infrastructure à respecter par les opérateurs de la chaîne alimentaire font également partie de ses missions.